据中国科学技术信息研究所2006年10月27日召开的“2005年度中国科技论文统计结果发布会”上公布的数据，《北京大学学报（自然科学版）》继去年进入第4届“中国百种杰出学术期刊”之后，再度荣获该称号。

进入第5届“中国百种杰出学术期刊”的综合类学术刊物共有4种，另外3种是《科学通报》、《自然科学进展》和《中山大学学报》。